Los experimentos de Emoto consistían en exponer agua en recipientes a diferentes palabras, dibujos o música y entonces congelarla y examinar la estética de los cristales resultantes mediante fotografías microscópicas.
El sesgo cognitivo puede llevar fácilmente a malinterpretar los datos. Si la persona que toma las fotografías o la que evalua su belleza sabe qué muestras de agua estuvieron expuestas a qué mensajes, sus emociones pueden distorsionar su elección. Este sesgo puede reducirse mediante experimentos de doble ciego. Mediante este método tanto el fotógrafo como quien examina la foto desempeñan su trabajo sin saber qué muestra estuvo expuesta a qué mensaje. Un experimento correctamente conducido requeriría comparar una muestra con otra muestra tratada idénticamente de todas las formas excepto de una. Si las muestras resultan ser diferentes, entonces sería posible atribuir la diferencia en los resultados a una diferencia en el tratamiento. Pero si hay múltiples diferencias en la forma en que se tratan las muestras entonces puede ser imposible determinar a partir del experimento si fue la exposición a los mensajes u otros factores los que causaron las diferencias en las muestras.
Emoto ha recibido críticas por no aplicar suficientes controles a sus experimientos y por no compartir suficientes detalles con la comunidad científica. Además, Emoto ha sido criticado por diseñar sus experimentos de forma que sea posible que el error humano influya en los descubrimientos.
En el trabajo diario del grupo, preferir la creatividad de los fotógrafos al rigor experimental es una política explícita de Emoto, quien reconoce que no es un científico y los fotógrafos reciben instrucciones de obtener las fotografías más placenteras.
James Randi, fundador de la Fundación Educativa James Randi, ha ofrecido públicamente a Emoto un millón de dólares si sus resultados se pueden reproducir en un estudio de doble ciego.
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